En 1982, la Congregación religiosa de los Hijos de María Inmaculada (Pavonianos) toma la opción de trabajar con personas drogodependientes. En búsqueda de modelos con los que desarrollar ese trabajo, entra en contacto con el CeIS Progetto Uomo de Roma con el objetivo de recabar su ayuda en vistas a la formación de operadores terapéuticos e implantación de Proyecto Hombre en Madrid. Así, en 1983 los responsables de iniciar Proyecto Hombre en Madrid realizan su formación en Roma, y en el mes de enero de 1984 comienza la formación del primer equipo de Madrid y San Sebastián.

Concluida la etapa de formación, el 20 de agosto de 1984 se abre la Fase de Acogida. La segunda fase del programa terapéutico educativo es la comunidad terapéutica. La de Proyecto Hombre de Madrid tiene su primera sede, en noviembre de 1984. La Fase de Reinserción abre sus puertas en septiembre de 1985 en una casa cedida por Cáritas.

Las tres fases del programa terapéutico fueron la primera respuesta de Proyecto Hombre a la problemática planteada por el consumo de drogas en aquellos años. A partir de esta estructura inicial, a lo largo de los años han surgido diferentes programas y dispositivos de atención y tratamiento, asumiendo las problemáticas emergentes en cada momento, adaptando los distintos servicios a la realidad social de los consumidores de drogas.